小雞咕咕姑自創立第一年起，即通過友善雞蛋聯盟認證，接著連續四年通過臺灣動物社會研究會動物福利標準稽核，符合最高飼養等級放牧系統之標準，該會授權小雞咕咕使用「動物福利標章」與「友善雞蛋聯盟」標章。

友善雞蛋聯盟係由台灣動物社會研究會所成立，輔導蛋農以「放牧」或「平飼」方式飼養蛋雞，以保障動物福利與公眾食品安全。

該研究會以嚴謹的稽核機制驗證牧場，並提供專業輔導，秉持公益立場，不向農民或企業收取任何費用，鼓勵更多農民善待產蛋母雞。同時協助牧場拓展通路，帶動產業轉型友善飼養，讓消費者以行動支持友善畜牧，共創人與動物、環境的良好互動。

不同於其他單位之認證，友善雞蛋聯盟是站在動物福利為優先的立場在稽核，相較於其他認證單位較為嚴謹，此外，沒有營利目的，有別於其他收費較為高昂及標準較爲寬鬆的認證單位。

小雞咕咕每年定期將雞蛋自主送驗，選擇 SGS 台灣檢驗科技股份為第三方公正機構，提供可信賴的驗證品質。